Le canyon est habité depuis plus de deux millénaires, d'abord par les cultures Collagua et Cabana qui ont sculpté les terrasses pré-incas de la vallée, puis par les administrateurs coloniaux espagnols qui ont détourné le cours de la rivière pour irriguer le blé et l'orge. Les frais de conservation de 70 PEN, collectés aux points de contrôle de Chivay, financent l'entretien de ces terrasses agricoles et le réseau de sentiers reliant quatorze villages agricoles exploitant encore des aqueducs en pierre construits au XIVe siècle.
Les visites du Canyon de Colca au départ d'Arequipa partent quotidiennement de la Plaza de Armas de la ville, traversant la Reserva Nacional Salinas y Aguada Blanca où les vigognes paissent à 4 910 mètres au col de Patapampa. Le trajet de 165 kilomètres dure trois heures, descendant vers Chivay à 3 635 mètres où les opérateurs font une pause pour l'acclimatation à l'altitude avant de continuer vers la Cruz del Condor. Le point de vue se situe à 3 287 mètres sur un virage en épingle au-dessus de la rivière, où les condors commencent leur ascension entre 06h00 et 09h00, lorsque les parois du canyon se réchauffent et génèrent des courants ascendants. Ces oiseaux — dont l'envergure atteint trois mètres — sont des charognards qui patrouillent sur un territoire de 200 kilomètres, nichant sur des falaises inaccessibles aux prédateurs.
Les microclimats du canyon abritent quarante espèces de plantes endémiques, notamment des forêts de queñua à basse altitude et des zones humides appelées bofedales près du rebord, qui soutiennent les troupeaux d'alpagas. Les itinéraires des excursions d'une journée incluent généralement Maca et Yanque, des villages coloniaux où les églises baroques préservent des retables à la feuille d'or et où les femmes locales portent encore des jupes en velours brodé indiquant leur état civil et leur origine. Les expéditions de plusieurs jours descendent jusqu'au fond du canyon via des escaliers en pierre, atteignant l'oasis de Sangalle à 2 160 mètres où des sources thermales alimentent des piscines entretenues par des auberges familiales. La randonnée retour vers le rebord gagne 1 200 mètres d'altitude en trois heures, suivant des chemins incas qui relient des fermes en gradins produisant toujours du maïs et du quinoa sans irrigation mécanisée.
Arequipa se trouve à 165 kilomètres au sud-est du canyon à 2 335 mètres, et le différentiel d'altitude oblige les opérateurs à transporter de l'oxygène et du thé à la feuille de coca pour les passagers souffrant de soroche. Le format de visite de deux jours inclut une nuit à Chivay, permettant de visiter le planétarium Colca et les thermes de La Calera, où l'eau riche en minéraux à 38 degrés Celsius est acheminée directement depuis des sources souterraines. Les itinéraires prolongés continuent du canyon vers Puno sur le lac Titicaca, traversant les prairies de l'altiplano où les flamants roses se rassemblent dans des lagunes salines et où les autels en bord de route marquent les territoires des communautés parlant aymara.
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